Naruto: Ultimate Ninja 2 is gebaseerd op de gelijknamige Japanse tekenfilm- en stripreeks die wereldwijd een grote groep fans heeft. Uit de animé zullen 30 verschillende personages kunnen worden gekozen, waaronder de hoofdrolspeler Naruto en zijn twee ninjamaatjes Sakura en Sasuke.

Het spel bevat de cell-shade techniek die ervoor zorgt dat het net lijkt of je de animé speelt. Je volgt de belangrijkste gebeurtenissen uit de tekenfilmserie en kan daarin ninjutsu gevechten houden en punten verdienen. Met deze punten kun je de vaardigheden van je ninja beter maken. In de Ultimate Ninja modus kun je als Naruto alle belangrijke gebeurtenissen uit het spel volgen. Daarnaast zijn er nog een hoop mini-games waarin je je ninja vaardigheden kunt uitproberen.